1 października 1702 roku, dzięki staraniom jezuitów i cesarza Leopolda I Habsburga, powołano do życia Uniwersytet Wrocławski, który na życzenie cesarza nosić miał nazwę Leopoldiny i cieszyć się wszystkimi przywilejami europejskich uniwersytetów.
W pierwszych latach działalności uczelni główny nacisk położono na budowę kościoła Uniwersyteckiego, ale z biegiem czasu palący stał się problem wzniesienia budynku, który mógłby przejąć zasadnicze funkcje uczelni. Źródła wskazują, że plany Leopoldiny były gotowe już około roku 1726, ale ze względu na stan prawny Wróblego Wzgórza i Bramy Cesarskiej, na których to terenach miał być wybudowany uniwersytet, podjęcie decyzji o przystąpieniu do budowy przeciągnęło się do 1728 roku. Wtedy to, w wyniku porozumienia między jezuitami i miastem, sporny teren został przyznany zakonowi – wraz z prawem do wybudowania szerokiej na 17 łokci bramy wjazdowej do miasta. Budulec zaczęto zwozić już w kwietniu 1728 roku, budowę nadzorował architekt Johann Blasius Peintner, a umowy na wykonanie robót podpisano z kamieniarzem Johannem Karignerem i Christopherem Archerem. Wtedy też zaczęto rozbiórkę dotychczasowych zabudowań na wspomnianym terenie. Miesiąc później wykonano pierwsze wykopy pod fundamenty. Kamień węgielny wbudowano w momencie, gdy mury zyskały już sporą wysokość. Znajduje się on w szóstym filarze międzyokiennym.
Mury Leopoldiny były gotowe pod koniec 1729 roku, wtedy też zaczęto tworzyć sklepienia i w styczniu 1730 roku rozpoczęto budowę dachu pod kierunkiem Johanna Michaela Mertza. W marcu kładziono pierwsze dachówki, lecz w połowie 1731 roku, ze względu na niedobór funduszy, roboty znacznie zwolniły. Mimo pewnych trudności (zawalenie się sklepienia w Oratorium Marianum w sierpniu 1731 roku) prace niebawem znowu nabrały tempa i zachodnie skrzydło budynku było już niemal ukończone. Kiedy trwały ostatnie prace nad budową Wieży Matematycznej, w słynnej Auli Leopoldyńskiej tworzone już były freski (Johann Christoph Handke) oraz zdobienia stiukowe (Franz Joseph Mangoldt). W 1732 roku poświęcono Aulę oraz Auditorium Comicum (salę teatralną) z freskami Johanna Kubena. Ostatecznie budowę skrzydła zachodniego ukończono w październiku 1732 roku, czemu towarzyszyło również stworzenie zwieńczenia Wieży Matematycznej (globus ze sferą i unoszący się orzeł, dzieło Georga Messe’go). W tym samym roku kierownictwo prac, po śmierci Peintnera, przejął Joseph Frisch. Ostatnie prace przy skrzydle zachodnim prowadzono jeszcze w roku 1733. Obejmowały one położenie tynków na elewacji oraz umieszczenie figur obrazujących cztery fakultety. W odróżnieniu jednak od już utworzonych fakultetów teologii i filozofii, uniwersytet ostatecznie nie otrzymał zgody na prowadzenie zajęć w dziedzinie prawa i medycyny.
W kwietniu 1732 roku rozpoczęto prace nad skrzydłem wschodnim (wyburzanie starych zabudowań), jednak powódź w roku następnym przeszkodziła w rozpoczęciu jego budowy. W tym roku poświęcono jednak odbudowane po wcześniejszej katastrofie Oratorium Marianum. W latach 1734-1735 Felix Anton Scheffier malował freski w głównej klatce schodowej i korytarzach pierwszego piętra, zaś na jesieni 1734 roku rozpoczęto budowę skrzydła wschodniego z przeznaczeniem na bibliotekę, refektarz i mieszkania wykładowców (kolegium), zawierającego przejazd bramny (Wieża Dzwonów). Mimo pewnych sporów z radą miejską, budowę kontynuowano, zaś w 1736 roku ostatecznie zakończono prace nad skrzydłem zachodnim, ustawiając na balustradzie portyku figury czterech Cnót Kardynalnych.
Budowa skrzydła wschodniego została zahamowana w roku 1737: najpierw ze względu na powódź, później przez niski stan wody w Odrze, co uniemożliwiało transport cegieł, wreszcie przez epidemię i brak siły roboczej. Dopiero w grudniu ustawiono zadaszenie nad skrzydłem południowym, łączącym skrzydło wschodnie z kościołem Uniwersyteckim, a jeszcze później, w 1740 roku, przekazano część kolegium na mieszkania profesorskie.
Już w 1741 roku, wskutek zawirowań politycznych po śmierci cesarza Karola VI i wkroczenia na Śląsk wojsk Fryderyka II, doszło do zamiany gmachu Uniwersytetu w lazaret. Oznaczało to nie tylko dewastację budynku, lecz także wstrzymanie prac budowlanych, a w końcu – rezygnację z budowy Wieży Dzwonów nad przejazdem bramnym. W 1745 roku Leopoldina znowu stała się lazaretem. Tym razem uwolnienie uczelni od wojsk nastąpiło dopiero po roku, co spowodowało konieczność kolejnej odnowy wnętrz. Wybuch Wieży Prochowej w 1749 roku zniszczył cenne okna w budynku, który po kilku latach, w 1757 roku, po raz kolejny został zajęty przez wojsko. Przeznaczyło ono jego wnętrza na magazyn zboża, przeciążając ponad miarę dość kruche stropy. W lipcu 1758 roku umieszczono w budynku 5 000 austriackich jeńców wojennych, co spowodowało ogólną dewastację gmachu; ocalała jedynie wyłączona z użytku Aula Leopoldyńska. Kolejny rok akademicki zainaugurowano dopiero w 1763 roku, ale dokończenie budowy Uniwersytetu nie było już brane pod uwagę. Po rozwiązaniu w 1773 roku Towarzystwa Jezusowego zakończył się w Akademii Leopoldyńskiej jezuicki etap rządów.
W latach 80. XVIII wieku udało się przeprowadzić niezbyt udaną renowację gmachu głównego Uniwersytetu, a w 1791 roku Wieża Matematyczna stała się obserwatorium astronomicznym, zyskując nowe miano – Wieży Astronomicznej. W 1811 roku król Fryderyk Wilhelm III zarządził przeniesienie Uniwersytetu Viadrina we Frankfurcie nad Odrą do Wrocławia, z czym wiązała się konieczność przeprowadzenia ekspertyzy budynku.
W dniu 19 października 1811 roku odbyła się – po przeprowadzeniu pewnych prac renowacyjnych – inauguracja roku akademickiego. Wtedy też ostatecznie umarła dawna nazwa Leopoldina, a zreorganizowaną uczelnię zaczęto nazywać wrocławską Viadriną.
W 1834 roku w Auli Leopoldyńskiej ustawiono popiersie Fryderyka Wilhelma III (rzeźbiarz Christian Daniel Rauch), ruszyły też prace nad skrzydłem wschodnim. W latach 1851-1858 wybudowano po stronie wschodniej gmach Instytutu Chemii. Przeprowadzona mniej więcej w tym samym czasie niwelacja terenu (podwyższenie o 2 metry) spowodowała, że część budynku uczelni znalazła się pod ziemią. Trzeba było dwukrotnie przebudowywać przejazd pod nigdy już nie zbudowaną Wieżą Dzwonów.
W 1892 roku gmach główny ponownie poddano renowacji, a do 1897 roku trwały prace przy remoncie dachów. W tym właśnie roku przeprowadzono ekspertyzę ogólnego stanu budynku, która wypadła bardzo źle. Dlatego już w 1900 roku rozpoczęto następną renowację wnętrz, która została przeprowadzona przez Josepha Langera w sposób urągający zasadom konserwacji. W 1904 roku odnowiono sztukaterie w Sali Muzycznej, wyposażając ją w nowy prospekt organowy. Wtedy też przed Uniwersytetem pojawiła się rzeźba Szermierza autorstwa Hugona Lederera.
Auditorium Comicum, użytkowane od 1814 roku jako Muzeum Zoologiczne, zostało przebudowane na wielką salę wykładową – Auditorium Maximum. W części budynku zainstalowano oświetlenie elektryczne i łączność telefoniczną. W 1907 roku skonstruowano ogrzewanie parowe, które miało zapobiec zanieczyszczeniom fresków w Auli Leopoldyńskiej, a na klatce schodowej umieszczono poręcze. W 1911 roku, dla uczczenia setnej rocznicy odnowienia uczelni, przeprowadzono ponownie konserwację Auli, w której pojawił się nowy podest i nowe umeblowanie. Remonty nie objęły niestety Wieży Matematycznej, na której pojawiać się zaczęły pierwsze wyraźne ubytki w dekoracji rzeźbiarskiej.
I wojna światowa sprawiła, że budynek Uniwersytetu znów stał się lazaretem. Jednak w tych trudnych czasach udało się przeprowadzić remont Wieży Matematycznej, a do sal wykładowych wprowadzić oświetlenie elektryczne. Wraz z końcem wojny usunięto popiersie cesarza i ufundowano pamiątkową tablicę poległym w walkach. W latach 1926-1929 przeprowadzono renowację wnętrz, która trwała jeszcze w 1940 roku.
W roku 1945, po kolejnej wojnie światowej, budynek był w znacznym stopniu zdewastowany. Po wschodniej stronie Wieży Matematycznej znajdowała się olbrzymia wyrwa po bombie. Zwieńczenie Wieży było zniszczone, dachy zburzone, Sala Muzyczna zrujnowana. W kolejnych latach gmach główny Uniwersytetu Wrocławskiego został jednak odbudowany. W latach 1949-1958, za sprawą Antoniego Michalaka, odnowiono cenne freski w Auli Leopoldyńskiej
Utworzenie we Wrocławiu pierwszego publicznego muzeum było następstwem edyktu sekularyzacyjnego króla Fryderyka Wilhelma III z 30 października 1810 roku. W wyniku kasaty śląskich klasztorów i kolegiat najcenniejsze dzieła sztuki, gromadzone przez wieki w dobrach duchowieństwa katolickiego, znalazły się pod kuratelą państwa pruskiego. Powierzono je wówczas nowo otwartemu Uniwersytetowi Wrocławskiemu, w którego strukturach utworzono wkrótce potem odrębną placówkę muzealną. Nowej instytucji nadano nazwę Królewskiego Muzeum Sztuki i Starożytności (Königlisches Museum für Kunst und Altertümer), równolegle używano nazwy Muzeum Uniwersyteckie lub Akademickie.
Organizację Muzeum powierzono Johannowi Gustavowi Gottliebowi Büschingowi (1783-1829), który na jego siedzibę wybrał poaugustiański klasztor na Wyspie Piaskowej, mieszczący odtąd także bibliotekę uczelni. Spośród ogromu zabytków pochodzących z klasztorów, Büsching został zobligowany do wyboru jedynie najcenniejszych i zagrożonych zniszczeniem. W sumie w wyniku kasaty pod opiekę Uniwersytetu trafiły tysiące obiektów, np. w 1812 roku ilość obrazów sięgnęła 536 sztuk. Obok arcydzieł malarstwa, w tym ponad setki obrazów pędzla Michaela Leopolda Willmanna (1630-1706), które w większości pochodziły z klasztoru w Lubiążu, na zbiory złożyły się dzieła rzeźby i rzemiosła artystycznego, militaria, numizmaty (głównie z dawnych kolekcji klasztornych w Żaganiu i Lubiążu) oraz zbiory archeologiczne.Przy Bibliotece Uniwersyteckiej utworzono także gabinet rycin, powstały z połączenia kolekcji Uniwersytetu Viadrina we Frankfurcie nad Odrą i jezuickiego Uniwersytetu Leopoldina we Wrocławiu, wzbogaconych o egzemplarze z dawnych bibliotek klasztornych. Liczył on około 900 sztuk, z czego większość stanowiły prace grafików niemieckich.
